Visi Fakultas Kedokteran Universitas Atma Jaya Yogyakarta:

Menjadi Fakultas Kedokteran yang menghasilkan lulusan dokter yang unggul, inklusif, humanis, dan berintegritas serta mampu memberi sumbangan pada kualitas kehidupan yang lebih baik melalui pelayanan kesehatan, khususnya pada aspek malnutrisi, dalam cahaya kebenaran pada tahun 2047.

Misi Fakultas Kedokteran Universitas Atma Jaya Yogyakarta:

Untuk mewujudkan visi maka misi dirumuskan sebagai berikut:

1. Menyelenggarakan pendidikan Program Studi Kedokteran Program Sarjana dan Program Studi Pendidikan Profesi Dokter Program Profesi yang berkualitas dan inovatif untuk mencetak lulusan kedokteran yang unggul dalam preventif malnutrisi.
2. Menyelenggarakan penelitian kedokteran yang adaptif terhadap kebutuhan global serta mampu menjawab permasalahan kemanusiaan dan kesejahteraan masyarakat.
3. Melaksanakan pengabdian masyarakat yang berorientasi pada pemberdayaan masyarakat sesuai dengan keunggulan Fakultas Kedokteran. 
4. Menyelenggarakan tata kelola yang kredibel, transparan, akuntabel, bertanggung jawab, dan adil dalam terang kebenaran berlandaskan Pancasila.