Dinas Kesehatan
| No | Dinas Kesehatan | Dokumen |
| 1 | Dinas Kesehatan Kabupaten Bantul | Perjanjian Kerja Sama antara Pemerintah Kabupaten Bantul dan Universitas Atma Jaya Yogyakarta tentang Peningkatan Mutu Pelayanan Kesehatan dan Kapasitas Sumber Daya Masyarakat di Kabupaten Bantul |
| 2 | Dinas Kesehatan Kabupaten Gunungkidul | Perjanjian Kerja Sama antara Pemerintah Kabupaten Gunungkidul dan Universitas Atma Jaya Yogyakarta tentang Peningkatan Mutu Pelayanan Kesehatan dan Kapasitas Sumber Daya Masyarakat di Kabupaten Gunungkidul |
| 3 | Dinas Kesehatan Kabupaten Kulon Progo | Perjanjian Kerja Sama antara Dinas Kesehatan Kabupaten Kulon Progo dan Universitas Atma Jaya Yogyakarta tentang Peningkatan Mutu Pelayanan Kesehatan dan Kapasitas Sumber Daya Masyarakat di Kabupaten Kulon Progo |
Puskesmas
| No | Puskesmas | Kabupaten |
| 1 | Puskesmas Pandak I | Bantul |
| 2 | Puskesmas Kretek | Bantul |
| 3 | Puskesmas Imogiri II | Bantul |
| 4 | Puskesmas Saptosari | Gunungkidul |
| 5 | Puskesmas Ponjong I | Gunungkidul |
| 6 | Puskesmas Nglipar I | Gunungkidul |
| 7 | Puskesmas Kalibawang | Kulon Progo |
| 8 | Puskesmas Girimulyo II | Kulon Progo |
| 9 | Puskesmas Wonosari II | Gunungkidul |
| 10 | Puskesmas Sewon 2 | Bantul |
Klinik Kerja Sama
| No | Nama Klinik | Alamat |
| 1 | Klinik Pratama Panasea | Jl. Kenari No. 89 Muja Muju, Umbulharjo, Yogyakarta |
| 2 | Klinik Pratama Intan | Jl. Masjid No.3 Pakualaman, Yogyakarta 55112 |
| 3 | Klinik Patalan | Jl. Parangtritis KM. 15 Gaduh, Patalan, Jetis, Bantul |
| 4 | Klinik Panti Usada Baciro | Jl. Melati Wetan 47, Baciro, Yogyakarta 55225 |
| 5 | Klinik Asta Medika | Jl. Mayjend Sutoyo No.7 Mantrijeron, Yogyakarta 55143 |
| 6 | Klinik Realino | Jl. Mataram No.66, Suryatmajan, Danurejan, Kota Yogyakarta, DIY |
| 7 | Praktek Dokter dr. Veronika Evita Setianingrum | Jl. Sidokarto No.43, Rewulu Wetan, Sidokarto, Godean, Sleman, DIY |
Mitra Lain
| No | Mitra | Alamat | Keterangan |
| 1 | Keuskupan Agats | Jl. Frans Kaisepo, Agats, Asmat, Papua 99777 | Mendorong putra putri terbaik Agats utuk mengikuti program pendidikan, terutama Pendidikan Kedokteran, FK, dlm rangka peningkatan kualitas kesehatan serta kesejahteraan masyarakat Agats; serta mendapatkan tenaga dokter yang profesional dalam rangka mewujudkan dan meningkatkan tujuan pembangunan di bidang kesehatan di keuskupan Agats |
| 2 |
Yayasan Dokter Peduli (doctor SHARE) |
Secretariat of doctorSHARE (Yayasan Dokter Peduli) Mega Glodok Kemayoran, Blok B, No.10 Jl. Angkasa Kav. B-6 Kemayoran, Jakarta Pusat 10610 |
· Meningkatkan fungsi tridharma PT terutama dalam melaksanakan layanan pendidikan & pengajaran bagi masyarakat secara umum · Menunjuk Yayasan Dokter Peduli (doctorSHARE) sebagai mitra proses pembelajaran, pengembangan & praktek bagi mahasiswa FK UAJY |
| 3 | STIKES Panti Rapih | Jalan Tantular Nomor 401, Pringwulung, Condongcatur, Depok, Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta 55281 | Kerjasama dalam bidang Pendidikan & Pengajaran, Penelitian serta Pengabdian Kepada Masyarakat khususnya dalam rangka penyelenggaraan Fak. Kedokteran di UAJY |